Sa kanyang unang termino, sinimulan ni Marcos ang paggugol sa mga gawaing pampubliko kabilang ang pagtatayo ng mga lansangan, tulay, mga health center at mga eskwela. Kanyang napanatili ang kanyang kasikatan sa kanyang unang termino at noong 1969 ay muling nahalal bilang pangulo para sa ikalawang 4 na taong termino. Gayunpaman, ang kasikatan ni Marcos bilang pangulo ay bumagsak sa kanyang ikalawang termino. Ang pagbatikos kay Marcos sa kanyang ikalawang termino ay nagmula sa panlilinlang sa kanyang 1969 kampanya at talamak na korupsiyon sa pamahalaan. Nagkaroon din ng isang pangkalahatang kawalang kasiyahan ng mga mamamayan dahil ang populasyon ay patuloy na mabilis na lumalago kesa sa ekonomiya na nagsanhi ng mas mataas na kahirapan at karahasan. Ang NPA ay nabuo noong 1969 at ang MNLF ay nakipaglaban para sa pakikipaghiwalay sa Pilipinas ng Muslim Mindanao. Sinamantala ni Marcos ang mga ito at ang ibang mga insidente gaya ng mga pagpoprotesta ng mga manggagawa at mga estudyante at pambobomba sa mga iba't ibang lugar sa bansa upang lumikha ng isang kapaligiran ng krisis at takot na kanyang kalaunang ginamit upang pangatwiranan ang kanyang pagpapataw ng Batas Militar o Martial Law.
Noong 23 Setyembre 1972 ay idineklara ni Ferdinand Marcos ang Batas Militar o Martial Law at binuwag ang Kongreso ng Pilipinas na nag-aalis ng tungkulin sa mga senador at kinatawan. Sa ilalim ng Batas Militar, nagkaroon ng kapangyarihang lehislatibo o paggawa ng batas si Marcos. Noong 1973, pinalitan ang Saligang Batas ng Pilipinas ng 1935 ng isang bagong Saligang Batas at si Marcos ay nagmungkahi ng mga amiyenda sa bagong Saligang Batas na pinagtibay noong 1976 na nagbibigay sa kanya ng kapangyarihan na magpapatuloy na magsanay ng mga kapangyarihan sa ilalim ng 1935 Saligang Batas at ng lahat ng mga kapangyarihang ipinagkaloob sa Pangulo at Punong Ministro ng 1973 Saligang Batas gayundin ng mga kapangyarihang paggawa ng batas hanggang sa iangat ang Batas Militar.
Sa ilalim ng Batas Militar ipinabilanggo ni Marcos ang mga 30,000 politikong oposisyon, mga bumabatikos na mamamahayag at mga aktibista kabilang si Senador Benigno "Ninoy" Aquino. Mula 1973, ginawang pag-aari ng pamahalaan ni Marcos ang mga pribadong negosyo at naging pag-aari ni Marcos o ibinigay sa kanyang mga crony o kamag-anak. Itinatag ni Marcos ang kapitalismong crony at mga monopolyo sa mga mahahalagang industriya gaya ng buko, tabako, saging, pagmamanupaktura, asukal at iba pa na nagbigay ng malaking pakinabang sa kanyang mga crony.
Si Marcos ay mabigat na umutang sa dayuhan na umabot ng 28 bilyong dolyar noong mapatalsik si Marcos noong Pebrero 1986 mula kaunti sa 2 bilyong dolyar noong maluklok si Marcos bilang pangulo noong 1965. Kanyang hinirang ang mga opiser ng militar upang mangasiwa sa ilang mga korporasyon at inutos niyang kontrolin ng militar ang lahat ng mga pampublikong utilidad at media. Ang mga hukumang sibilyan ay inalisan ni Marcos ng kapangyarihan at autonomiya. Ang mga sahod ng mamamayan ay nangalahati at ang pambansang sahod ng Pilipinas na hinahawakan lamang ng pinakamayamang 10 porsiyento ng populasyon ng Pilipinas ay tumaas mula 27 % to 37%.
Upang makamit ni Marcos ang pag-endorso ng Papa na dumalaw noong Pebrero 1981 at Simbahang Katoliko sa kanyang rehime, inangat ni Marcos ang Martial law noong 17 Enero 1981 bagaman ang lahat ng mga kautusan at atas na inilabas noong Martial Law ay nanatiling may bisa. Ang isang bagong halalan ay idinaos noong 1981 kung saan nanalo si Marcos ng isa pang anim na taong termino bilang pangulo.